El Proceso de Monitoreo y Evaluación es responsable de la formulación, conducción e implementación de los sub procesos de Monitoreo y de Evaluación, el primero, a través del análisis de la información, sea por recolección en campo o recepción, generada en la ejecución del Ciclo de los Procesos Operativos de manera transversal y de los Planes de Trabajo y Planes Regionales que responden al Plan Operativo Institucional; y el segundo, al determinar de modo sistemático y objetivo, la pertinencia, eficacia, eficiencia e impacto de los resultados en base a los objetivos institucionales.
Los instrumentos que rigen el proceso de Monitoreo y Evaluación a nivel del Programa son:
1-Directiva de Monitoreo y Evaluación: Establece los sub procesos, procedimientos y actividades requeridas para el funcionamiento adecuado del proceso de Monitoreo y Evaluación del programa JUNTOS según ámbito de control y establece las responsabilidades de actores internos y externos. 
2-PolÃticas de Monitoreo y Evaluación: Que representa el marco de referencia para el ordenamiento de las acciones vinculadas a la regulación de los procesos de Monitoreo y Evaluación tendientes a la consecución de objetivos trazados por el programa. 
3-Plan de Evaluación “Evaluar para Mejorar†2008-2011: Que se plantea como una estrategia de Evaluación para llegar a conocer los resultados de l programa a través de un proceso continuo de generación de información que permita a los responsables del programa tomar decisiones para aumentar eficacia y eficiencia. 
4-Plan de Evaluación “Gestión Basada en Evidencias†2011-2013: 
El Grupo Técnico de Evaluación del Programa JUNTOS es el encargado de brindar asistencia técnica al Programa JUNTOS en el desarrollo del sub proceso de Evaluación, su papel fundamental es garantizar la rigurosidad técnica de los estudios de evaluación y se rige bajo los criterios de independencia, calidad, credibilidad y transparencia de los resultados de los estudios de Evaluación, los cuales se enmarcan en el Plan de Evaluación del Programa JUNTOS 2010 – 2013: “Gestión Basada en la Evidenciaâ€, aprobado por Resolución de Dirección Ejecutiva N° 57-2010-PCM/PNADP-DE.
El Grupo Técnico está integrado por destacados profesionales del Ministerio de EconomÃa y Finanzas (Dirección Nacional de Presupuesto Público y Dirección General de Descentralización Fiscal y Asuntos Sociales), del Institut de Recherche pour le Développement (IRD) de Francia y del Programa JUNTOS.